怎么用Python快速筛选出FASTA文件里长度不足300的蛋白序列并保存为新文件?

以下是一个 Python 程序,用于对 `Botrytis_cinerea_protein.fa` 文件中的蛋白序列进行长度统计,并以 FASTA 格式输出长度小于 300 的蛋白序列: ```python def process_fasta_file(input_file, output_file): sequences = {} current_id = None current_seq = [] # 读取 FASTA 文件 with open(input_file, 'r') as f: for line in f: line = line.strip() if line.startswith('>'): if current_id is not None: sequences[current_id] = ''.join(current_seq) current_id = line[1:] current_seq = [] else: current_seq.append(line) # 处理最后一个序列 if current_id is not None: sequences[current_id] = ''.join(current_seq) # 统计序列长度并筛选长度小于 300 的序列 short_sequences = {id: seq for id, seq in sequences.items() if len(seq) < 300} # 输出筛选后的序列到新的 FASTA 文件 with open(output_file, 'w') as f: for id, seq in short_sequences.items(): f.write(f">{id}\n{seq}\n") # 使用示例 input_file = 'Botrytis_cinerea_protein.fa' output_file = 'short_sequences.fa' process_fasta_file(input_file, output_file) ```

创作声明:本文部分内容由AI辅助生成(AIGC),仅供参考

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